מִנהלת נחשון היא הגוף המוביל והמנהל את תוכנית נחשון ברמה הארצית ואחראי על פיתוח מתמיד של התפישה החינוכית, הכשרה וליווי שוטף של המחנכים, בנייה והוצאה לפועל של אירועי שיא תוכניתיים ויצירת קשרים עם שותפי תוכן מהתעשייה והאקדמיה.

במנהלת נחשון מועסקים אנשים מתחומי החינוך, הטכנולוגיה והאקדמיה, רבים מהם יוצאי תוכנית תלפיות או סגל תלפיות בעבר. רוב המועסקים במנהלת נחשון משמשים כמלווים לכיתות ולמחנכים, שתפקידם הוא ייעוץ ותמיכה מקצועית במחנך, מהכשרתו הראשונית במסגרת התכנית ולאורך שנת הלימודים.